La gran diversidad de seres que componen el reino animal resulta incalculable desde el punto de vista de su estudio. La clasificación permite a todas las ciencias ordenar de algún modo su objeto de estudio para facilitar la tarea de los investigadores. Estos nunca cesan en su labor, por lo que con el paso del tiempo, a medida que se estudian nuevas especies y al realizar nuevos descubrimientos, las clasificaciones son modificadas y en muchas oportunidades difieren de un autor a otro. Hasta hoy los científicos identificaron más de un millón de especies y es probable que queden millones por clasificar.

Los criterios utilizados para clasificar los animales y entender las relaciones evolutivas existentes entre ellos toman en cuenta distintos elementos: la estructura general del cuerpo, de qué manera se disponen sus partes, si existen cavidades corporales o no, cuántas son las capas de tejido embrionario, qué tipo de desarrollo sigue el individuo desde el óvulo fecundado hasta el organismo adulto. Por último, la clasificación debe responder al esquema genealógico elaborado, de modo que especies que tienen antepasados comunes recientes pertenezcan, por ejemplo, al mismo género, y los géneros claramente emparentados provengan de la misma familia.

En la actualidad los seres vivos se dividen en cinco reinos: moneras, protistas, hongos, vegetales y animales. Los protozoos no se consideran parte del reino animal, sino que integran, junto con las algas unicelulares, el reino de los protistas.

Hasta hace poco, los zoólogos dividían a los animales en dos grandes grupos: protozoos, de una sola célula y habitualmente microscópicos, y metazoos, cuyo cuerpo contiene cientos de millones de células organizadas en tejidos especializados. Tal clasificación no revelaba la verdadera historia de la evolución, por lo que fue necesario cambiarla.

El reino animal agrupa aproximadamente 30 filos. En el siguiente nivel de clasificación se consideran las clases, aunque no todos los filos se subdividen en clases, sino directamente en especies. En un estudio más detallado también se pueden considerar los subfilos y las subclases.

Los cordados

Vertebrados

Los cordados comprenden unas 43.000 especies agrupadas en: cefalocordados, urocordados y vertebrados. Se distinguen por la presencia de un cordón que corre a lo largo de todo el cuerpo, por debajo de la médula espinal, paralelo al tubo digestivo: la corda o notocordio. En la mayoría, esta estructura es reemplazada en la etapa adulta por una columna articulada y flexible que se forma a su alrededor, compuesta por estructuras óseas o cartilaginosas llamadas vértebras.

Urocordados	Cefalocordados

Otra característica propia de estos seres vivos es el cordón nervioso dorsal hueco que corre por encima del notocordio y por debajo de la superficie del animal.

También constituyen rasgos distintivos de los cordados la faringe con hendiduras branquiales y la cola, posterior al ano, que consiste en una masa muscular alrededor de un esqueleto axial.

Los cefalocordados están representados por apenas 28 especies y los urocordados por alrededor de unas 300.

Moluscos

Los cefalocordados comprenden muy pocas especies, poseedoras de un notocordio que se continúa hasta la cabeza, y carecen de cartílago o hueso. Los adultos tienen forma de bolsa o saco, y carecen de notocordio, a diferencia de sus larvas, que además de notocordio poseen un sistema nervioso.

Los vertebrados están constituidos por alrededor de 41.700 especies, y a pesar de ser los más conocidos, representan una ínfima parte del reino animal, aproximadamente el 5%. Tienen esqueleto con columna vertebral y cráneo, y un sistema nervioso central constituido por médula espinal y encéfalo. Entre ellos se encuentran los peces, anfibios, reptiles, aves y mamíferos. Ésta última clase incluye a los primates, entre los cuales se encuentra el hombre.

	Anélidos	Poríferos	Plantelmintos	Nematelmintos

Equinodermos
Hemicordados	Artrópodos

Los invertebrados

Todos los animales carentes de columna vertebral y esqueleto interno se agrupan bajo el nombre de invertebrados. Actualmente también se conocen con el nombre de no cordados.

Estos animales se caracterizan además por la ausencia de un cordón nervioso hueco, el desarrollo de las áreas respiratorias -si las hay- a partir de la pared del cuerpo y la posición dorsal del corazón -si existe-. Alrededor del 90% de las especies animales reúnen estas características.

Entre los animales no cordados, se encuentran los poríferos, cnidarios, platelmintos, nematelmintos, moluscos, anélidos, artrópodos y equinodermos. Los hemicordados tienen características propias de equinodermos y cordados, por los que algunos llegan a considerarlo u grupo intermedio entre cordados y no cordados.