De un total de 108,519 especies descritas en México, 2,556 están en riesgo, de acuerdo con la Comisión Nacional para el Conocimiento y Uso de la Biodiversidad (Conabio).
La norma 059 emitida por la Secretaría de Medio Ambiente y Recursos Naturales (Semarnat) incorpora a las especies en riesgo dentro de
tres categorías: en peligro de extinción —donde han registrado un total de 475 especies—, amenazadas, con 896, y 1,185 sujetas a protección especial.
Entre algunos de los animales considerados en peligro de extinción se encuentra el jaguar, la tortuga caguama, el ajolote mexicano, la guacamaya roja, el oso negro, la vaquita marina, el manatí de las antillas, el lobo mexicano, el conejo de los volcanes y el tapir.Según datos de la Conabio y el Fondo Mundial para la Naturaleza (WWF, por sus siglas en inglés), estas especies tienen algunas de las poblaciones con el menor número de ejemplares en México, que van desde los 20 hasta los 12,000 aproximadamente.
Las regiones que albergan a estos animales en peligro de desaparecer son la Ciudad de México y los estados de Chihuahua, Sonora, Baja California, Nuevo León, Quintana Roo, Chiapas, Oaxaca, Tabasco, Veracruz, Campeche, Jalisco, Yucatán, Durango, Tamaulipas y Coahuila.
Un monitoreo realizado en 2010 por la Alianza para Extinción Cero (
AZE , por sus siglas en inglés), donde reportaron la localización de 587 sitios en el mundo con una concentración de 920 especies en peligro de extinción, demostró que México es el país con más lugares críticos en el planeta.
Dentro del mismo estudio, Oaxaca ocupó el primer lugar de los estados con mayor cantidad de sitios con especies en peligro de extinción en el país.
La WWF señala que México es considerado uno de los países con mayor pluralidad de especies, casi el 70% de la diversidad mundial, debido a que muchas de ellas no se encuentran en otros países.